C'est le fonctionnement voulu. S'agissant d'une partie officielle, il n'est pas souhaitable que l'on se retrouve sur son disque dur avec plusieurs copies de la partie dont on ne saura plus trop ensuite laquelle était la "bonne".

Et comme expliqué dans 0000990, il ne faut pas confondre "Enregistrer sous ..." qui génère une copie dans la base DupliTop de l'ordinateur, et "Exporter" qui permet d'exporter la sauvegarde vers une clé USB pour la transmettre ensuite à un serveur ou à une autre personne.